¿La Cuenta Aduanera es lo mismo que el PECE?

No, no es lo mismo. 

El PECE es el sistema de pago de contribuciones derivadas de las importaciones o exportaciones que se realicen; mientras que Cuenta Aduanera es el pago de cuotas e impuestos adicionales a la importacion de productos temporales y definitivas, sujetas a precios estimados (principalmente textiles y calzado).